Il Comune di Ponte S. Nicolò sorge, con le sue 3 frazioni, Roncaglia, Roncajette e Rio, nell'area a sud-est di Padova attraversata dal Bacchiglione o Roncajette. Probabilmente già abitato al tempo dei Romani (secondo uno studioso, Il Gloria, esisteva una via romana da Padova a Codevigo che passava per Ponte S. Nicolò), il centro comincia ad annoverare la sua storia a partire dagli anni intorno al mille, quando il Retrone (antico nome del Roncajette) lambiva le sponde di un'enorme foresta denominata Onedo, Olmedo o Onido, cioè "boscaglia di olmi". 

Roncaglia deriva perciò il suo nome proprio dal verbo "roncare", cioè disboscare. L'attività agricola s'impegnò sulla produzione di legumi e cereali. Di qui la necessità di mulini natanti (a Roncajette e a Ponte S. Nicolò) e lo sviluppo di insediamenti vicino al fiume, dove fu costruito un ponte, il ponte "Sancti Nicolai" che inizialmente fu eretto in legno di rovere. Nel 1228, ad opera della Repubblica padovana, si creò la prima struttura in pietra con le tre possenti arcate ricordate nello stemma comunale.

Numerose furono le inondazioni che colpirono nei secoli il nostro Comune ma i documenti ne ricordano principalmente tre: quella del 1882, quella del 1907 e quella del 1966, causate, con molta probabilità, dalla presenza dei mulini. 

Dopo la piena del 1907 si decide di abbattere il ponte in pietra e nel 1913 fu inaugurato il nuovo ponte in metallo.

I resti del ponte di pietra e quelli dei mulini di proprietà di casa Turcato si possono ancora scorgere sotto l'attuale ponte.

Il ponte fu per secoli crocevia di uomini, di merci e di vicende politiche e militari. Vi si accanivano le guerre per sottrarre Padova al dominio di Ezzelino da Romano (1256); presso il ponte si accampò Cangrande della Scala (1317 - 1318); in seguito migliaia di profughi della Saccisica lo oltrepassarono in cerca di scampo dalle incursioni della Serenissima (1372-'73); fu inoltre completamente rovinato durante l'assedio inflitto alla nostra città dall'imperatore Massimiliano d'Asburgo (1509).

Nato alle dipendenze dei canonici della cattedrale di Padova, l'abitato sorto sul fiume diede vita ad un vero e proprio "comune et homines Pontis Sancti Nicolai" solo nel 1277, mentre più antica è la nascita di Roncajette (detta all'epoca Roncaliutari perché luogo pieno di rovi da estirpare con la "roncola"), di cui esiste memoria scritta fin dal 918. Il 20 aprile di quell'anno infatti, il re Berengario concede ai canonici di Padova di riceverne le decime. 

Fu anche porto fluviale dove attraccavano i barconi carichi di sale, di lino, di otri e di scodelle in terracotta (molti cocci di questo vasellame sono stati rinvenuti sul fondale del fiume dai sub dell'Associazione Esus). Tutta la zona a sud di Roncajette, lungo la riva destra del fiume, intorno al 1050 era occupata da una vasta selva chiamata "Ponteglese". Nel 1130 per la prima volta è menzionata la cappella di S. Fidenzio di Roncajette. Essa ha configurazione settecentesca. Vi si trova un interessante polittico del XIV sec. Con Madonna e Santi in dieci comparti, distribuiti su due registri, di un pittore conosciuto come maestro di Roncajette. 

S. Fidenzio sembra essere stato, secondo una tradizione non certa, un vescovo orientale, forse armeno, martire nei primi tempi cristiani. 

La devozione a questo santo si diffuse a Padova intorno al 1000 e la diocesi vi volle intitolare le chiese che in quel tempo la fede popolare costruiva nei nuovi centri abitati. 

Nel 1027 un privilegio dell'imperatore Corrado II concesso ai canonici della cattedrale di Padova fa menzione per la prima volta di "Roncaglia", che nel 1055 è espressamente definita "villa", cioè villaggio. Nel 1171 vi sorge per la cura d'anime una cappella intitolata a S. Basilio, un santo eremita della tradizione greca, venerato soltanto in questo paese della diocesi di Padova. 

Intanto, già nel 1130 si era sentito bisogno di dedicare una chiesa a San Nicolò, protettore dei naviganti. Questa prima cappella però non sorse nel luogo dell'attuale parrocchiale, bensì sull'altra sponda del fiume. Ponte e paese di S. Nicolò nacquero con tutta probabilità nel periodo tra il 1205 e il 1212: nel 1215 si ha una delle prime notizie di un "porto di S. Nicolò". Ben presto vi sorse anche una chiesa (1291) intitolata alla Vergine: "ecclesia nova Sancte Marie in capite pontis Sancti Nicolai". Essa divenne parrocchiale nel 1452. 

La chiesa attuale, in stile gotico-lombardo, fu iniziata nel 1898. La lavorazione fu interrotta durante la guerra e ripresa nel 1922; fu consacrata nel 1966, mentre il campanile fu costruito tra il 1946 e il '50.
Quanto a Rio, sembra che il paese, si sia costituito verso il 1209 con il nome di Rivus, cioè canale, perché attraversato appunto da un corso d'acqua. In questa frazione si segnalò nel corso del trecento una famiglia che, pur non essendo di stirpe nobile, riuscì in qualche modo ad incidere sulle vicende politiche della città: i "da Rio" furono professionisti, commercianti, banchieri e notai. Villa "da Rio" ne richiama ancora la memoria. L'attuale chiesa fu curazia prima sussidiaria e poi autonoma di Voltabarozzo, da cui si sganciò nel 1945. È dedicata a S. Carlo Borromeo, ma originariamente fu intitolata a S. Antonio Abate, umile asceta dell'Egitto, riconosciuto protettore degli animali domestici e guaritore dal "fuoco di Sant'Antonio".

Tra i personaggi che in passato diedero un contributo al progresso della medicina e delle scienze naturali vanno ricordati Avezuto da Roncaglia e Matteo da Roncajette, entrambi professori all'Università di Padova tra la fine del duecento e i primi del trecento e contemporanei del filosofo e scienziato Pietro d'Abano.